なぜ海外版のヤリスは3ナンバー規格になるのでしょうか？

Answer 1

ボディ寸法が違うからです。
日本仕様のヤリスは日本の道路事情や住宅事情(ガレージの大きさなど)を考慮して車体寸法を縮めています(全幅－40mm ホイールベース－5mm)、また日本の給与水準も考慮してホイールを5穴から4穴にしたり、電気式パーキングブレーキをハンドブレーキにするなどコストダウンも行われています。
上記のうち、ホイールについては欧州と日本では常用する速度域の違いも考慮していると思います、出せて120キロの日本なら4穴でも大丈夫ということなのでしょう。