WRX S4を購入したいのですが後付けでスポイラーを付けるならトランクリップスポイラーのついていないGTグレードの方がいいですか？

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大型リアスポイラーの事？
そうですね。社外品でも共着は不可と思います。
ちなみにディーラーオプションじゃなくて、メーカーオプションなので純正のは後付け不可です。
いずれにしてもトランクリッドにボルト孔開け加工必要ですが、社外品のGTウィングとかならトランクリップスポイラーと共着OKかもしれません。