B16などのエンジンをB18やB20等にスワップする際にはミッションも交換するのが打倒でしょうか？

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旧型シビックやCR-Xのエンジンからのインテや新シビックなどのエンジンへスワップという事ですか…あまりホンダ車のスワップについては詳しくは分からないのですが…、

FF車はミッションの中にデフが入ってますよね？

排気量が変われば、トルクや馬力が変わりますし、減速比などの問題がありますので、伸びが悪くなったりなども考えられますね…。

そのまま駆動系や足廻り(特にドライブシャフト)に問題がなく、部品が共通していたり、使えそうなら、ミッションも交換した方がよろしいかと思います。