トヨタ、ベルタとアクアスチールホイールの違いてあるんですか？ホイルキャップがはいらないとか？

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インチ数が合っていればホイールキャップは装着出来ます。
年式やグレードにもよりますが、ベルタとアクアではホイールの太さが違うので、アクア用をベルタに装着した場合、干渉して取り付けが出来ない可能性があります。
ベルタ用をアクアに装着する場合、タイヤが内側に入って見た目がダサくなるという以外には、特に問題はありません。