メンテナンスも同じ様で、使い方も同じ様な条件ならK6AエンジンよりF6Aエンジンのほうが耐久性がありますか？

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2種類の違いの説明は割愛します。はっきり言って耐久性の差は全く考える必要はありません。性能的には設計も新しく、重量も軽いK6の方が上かも知れませんが、街乗りで体感できる程のレベルではありません。
エンジン自体をいじるのであれば、ボアアップのキャパなどを含めF6の方がむしろポテンシャルは高いかも知れません。(こうなると耐久性は？ですが…。)
何れにしても耐久性はメンテナンスを含め、使い方で決まります。オイル管理や暖機運転の励行、そして愛情を傾注することをオススメします。