初期型のランドクルーザー100のコンソールパネルは何故、木目調を隠すよう黒い塗料が塗ってあったのですか？

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単純に締りが出るとかデザイン上の理由かと。

あと製造工程的に全面木目プリントしてから黒塗装（プリント？）した方が効率的でコスト低減に繋がるのでしょう。

グリルを見てみて下さい。恐らく同じ理由で全面メッキ後、中央部がマットブラックで塗装されています。

確かケンメリスカイライン（だったかな？）のテールランプ周りの黒い塗装を剥がすと下から全面メッキが現れます。

これはデザイン上、テールランプ外周のみをリング状にメッキにしたいから全面メッキの上、そこ以外のほとんどを上から塗装したのだと思います。

要するに後から部分的にメッキするのは非常に手間とコストが掛かるという訳です。