近々、2000年360モデナを購入予定です。バッテリーあがり対策として、乗らないときはキルスイッチOFFにするつもりです。 このとき、セキュリティー（サイレン、イモビライザー）はキャンセルされてしまうのでしょうか

Answer 1

車種関係なくバッテリー電源を遮断するのですから、勿論セキュリティーも電源無いため作動しなくなります。
心配なのでしたら、一週間に一度でもエンジン始動して充電作業するなどしたほうがいいですね。
後は車庫にしまうくらいです。