BMWのE46M3とE63M6はどちらのほうが壊れやすいですか？

Answer 1

当方E63 M6オーナーです。
また周りにはM系のオーナーや以前乗っていたオーナーを多数知っています。

実体験からいきますと、私は大きなトラブルは見舞われたことはないのですが、周囲の話等をまとめると、結局
①過走行車（安価）を購入した
②乗り方
の2つに故障頻度は起因していますね。

SMGに関して言えば、それ自体の故障はほぼ無く、ほとんどがクラッチおよびフライホイールの磨耗ですね。
これは②番の内容になりますが、通常のクラッチ式マニュアルトランスミッションの乗り方が本当に分かっているのか、上手いか下手かが重要です。
SMGは通常2速発進をするよう設定されていますが、これをボタン一つで1速発進に切り替えられます。これを常に街乗りで設定しているかが肝です。あと変速域の変更もできるのですが、これを2か3にしておくことが大事ですね。実はこれはクラッチスピードがあがるとかではなく、ただのスピードで変速域が決まります。2の設定ならば30キロで2速、40キロで3速みたいな（例です）。5の設定なら50キロで2速、60キロで3速みたいな（例です）
これは正規ディーラーにいるマイスターの資格を持っている方から正式資料を見せてもらっています。ちなみに2の設定以上は1速発進。
ですから当然シフトアップで引っ張らない方が負担、磨耗は少ないですから4よりも3、3よりも2の方がベストということになります。
また半クラッチも負担、磨耗に関わりますので、1の設定の2速発進が一番最悪です。
1速発進しますと直ぐに2速に変速されるので慣れないとギクシャクしますので、何も考えずにスムーズに乗りたいだけならば2速で発進したほうがいいのですが、消耗、負担の軽減に沿うならば、確実に1速発進するべきです。
次に減速でも重要な部分があるのですが、SMGのブリッピングははっきりいってダメですね。全く回転数があっていないので、パドルシフトで減速する瞬間にアクセルを煽るとちょうどバッチリの回転数でのギアチェンジが可能になります。これは慣れが必要ですし、前述してきたオートモードでは出来ません。あくまでマニュアルモードの時です。
巷ではオートモードだとクラッチ等が早く磨耗すると言われてるみたいですが、実際に乗っている立場からすると全く関係ありません。それよりも1速発進とドライブロジックの設定（2か3）が重要です。
まあ飛ばしたくなった時は当然マニュアルモードにしますから、この時はアップでも引っ張りますし、シフトダウンもガンガンしますので磨耗は当然しますね（笑）でも自分の足でのブリッピングは必須ですね。
あとシフトアップ時にアクセルを抜いた方がいいっていう巷噂がありますが、これもする必要はありません。そのままフルアクセルでシフトアップしても全く問題ありません。

とても長くなってしまいましたが、要は正しい知識のもとに、正しい乗り方ができるかどうかで寿命はめちゃくちゃ変わります。
過走行車は中古車業界では逆に、トラブルを乗り切れたクルマとして逆に安心という考えもありますが、こうした特殊なクルマには全ては当てはまらないですね。その間に何人がどういった乗り方をしてきたのか全く分かりませんから。
ワンオーナー低走行車のほうが当然リスクは減りますね。またSMGのオートモードはドライブロジックの設定が同じでも、ドライバーのアクセル開度の癖を学習していきます。というより学習してしまいます。
ですので全オーナーがあまり知識と技術がなかったりすると変な変速をしてしまいます。がこれは正規ディーラーでリセット出来るのでご案内下さい。
私のM6は確実に全オーナーはゆったりとまったりと乗ってらっしゃった方だなとすぐに分かりました。っていうぐらいこの学習はタルくもしっくりにもなります。
私はこの全オーナーの学習が嫌で、直ぐにリセットし、自分好みに学習させました。

質問に戻りますと、M3もM5もM6も全て乗り方次第です。

Answer 2

i11さんの言う通り両車を比較した場合はE46 M3のMTが安パイでしょうね。
同じSMGで比較してもM6のSMG3とM3のSMG2ではSMG3の方が故障率が高いと言われてます。
故障率とは別ですが、ランニングコストの面でもM3。
故障した場合の部品代も新車時の価格に比例して高くなりますから。
まー何れにしろ、中古の場合はそれまでのメンテ次第かなと。

Answer 3

Ｍ6はトランスミッションがＳＭＧしかないけれど
Ｍ3のＭＴを買えばＳＭＢＧの呪縛から解き放たれますので
E46の方が丈夫ですが経年している分何処かがトラブるでしょう。