ミニジープの購入を考えてるんですが、カスタムや登録で2人乗りにすることは可能ですか？

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ミニジープは50cc以下・定格出力0.6kw以下のマイクロカー(ミニカー)に分類されますので2人乗りにはできないです。マイクロカーの条件が「一人乗り」ですから。

これより上のサイズになると「超小型車(超小型モビリティ)」がありますが、これは軽自動車同様「型式登録車」になりますので、ミニジープを改造により超小型車として登録するのは実質的には不可能です。

認可される改造を施したうえでクラッシュテストを通過し、正式に型式を取得できれば可能ではありますが、最低でも数億円はかかると言われていますので実質的には不可能(やる意味がない)といえます。