ハイブリッド車はハイブリッドシステムが 故障しても走れるほうが良い？

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はい。走れるにこしたことはありません。

ハイブリッドシステムが故障してもガソリン車として走れるハイブリッド車には、日産FUGAやSkyline,ホンダIMA,スバル XV,Porsche hybrid,BMW ActiveHybrid,Audi hybrid等があります。
ハイブリッドシステムが故障しても通常走行でディーラーへ修理に出すことができます。

トヨタのハイブリッド車やホンダi-DCDでは、ハイブリッドシステムの駆動用バッテリーが枯渇したり駆動用モーターが故障するとエンジン始動やバックができなくなります。
エンジンが停止したらエジジン始動ができなくなり走行ができなくなるので、レッカー移動しかなくなります。
遠方で故障したら結構大変な事になります。
コスト削減でフェールセーフが損なわれていますから、修理の負担が大きくなってしまいます。