FIAGT3車両で一番速いのはどこのメーカーですか？

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FIA-GT3の車両は、基本的にメーカーさんが作ったそのままの状態では走ることができないのです。
ベース車両が存在するGTカーはパワー、重量、ボディ形状などの元々の素性で生じる絶対的な差が存在するため、BOP(バランス・オブ・パフォーマンス)と呼ばれるハンデを各車両ごとに定められた分だけ装備し、出来る限り性能を近付けたうえでレースが行われます。
言ってしまえばこのBOPがすべてを決めていると言っても過言ではなく、ある年で途轍もなく速かった車が、翌年にはBOPをキツく設定され中団以下の常連になるなどといったことが普通に起こります(逆もまた然りです)。
直近のレースでは、ニュルブルクリンク24時間耐久において、前年度大会で全く上位を争うことができなかったアウディ R8がまさに無双の活躍をしています。前年度の不振は一昨年の大会で速すぎたためにBOPをキツくされたことが原因だとアウディの代表が述べており、逆に前年度で表彰台を独占したメルセデス AMG GTは今大会でいまいち目立ちませんでした。

そのため、どれが一番速いかというのは、その年で一番活躍した車としか答えようがないのです。
ただし、燃費の良さやタイヤタイフの長さ等、ある程度長い距離を走ることで生きてくる要素が武器の車もありますので、スプリントレースで速い車が耐久レースでも強いとは限らないのがまた難しいところです。

極端な話、コースが変わるだけで立場が逆転することも多々あるため、結論を出すことは不可能でしょう。
マシンを扱うチームの参戦体制の問題(参戦台数が少ない、メーカーサポートを受けるような大きなチームでない等)もあるため、日本で遅いからこの車両はBOPがキツイんだ、等と安易に判断したりせず、世界中のレースでの成績を総合的に見る必要があります。
とはいえGT3は基本的に欧州を主戦場とするカテゴリーなので、ブランパンGTスプリント、エンデュランスの2カテゴリーを参考にすると良いかと思います。上位チームは揃って有名プロドライバーがワークスサポートの下にマシンを走らせるうえ、SUPERGTのようなハンデウェイト制度はないので毎レース各車両の真価を見ることができるでしょう。