180sxのサイドフランジは1992年式と1996年式でスプラインは異なりますか？異なるのはスプラインのみになるのでしょうか？

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デフのサイドフランジは確か後期になると太軸の31歯だった気がしますイチヨン後期と同じ
初期SR20の車は29歯かと思われます。
ただ軸部はどちらも同じなんでデフケースには問題なくささります。
ご使用されるデフの内部のセレーションギア（スプライン）のサイズに合わせてサイドフランジを細軸使うか、太軸使うかを決めて頂ければ良いかと思われます。
例えば、初期ニスモ機械式デフは細軸を使用
現在のニスモＧＴ LSD系は太軸を使用する。
みたいな感じてすかね。
あと、R32 GT-Rの純正機械式をシルビアデフに組んだ事がありましたが太軸を使うとピッタリでした。
御参考までに検討してみてください。