国産車限定で、ボディは3ナンバーサイズなのに排気量は2000cc以下という車は今では結構多いですが、こういった車の日本初はどの車になりますか？

Answer 1

3ナンバー専用ボディで排気量2.0L以下のモデルを最初に出したのはおそらくクラウン（S130系）。
1989年4月の自動車税改正で排気量のみでの課税に変更されたのを機に、当時5ナンバー（排気量2.0L）と3ナンバー（排気量3.0L）で違うボディを採用していたS130系クラウンに2Lエンジン搭載の3ナンバーモデルが追加されたはずです。
同時期のライバルであるセドリックやグロリア（Y31型）、ルーチェ（HC型）、レジェンド（KA1~6）の3ナンバーは、5ナンバーボディに2L超のエンジンと大型バンパー装着でした。
3ナンバー専用ボディながら2.0L以下のエンジン搭載車が販売の主力だったのはマツダ・クロノス（カペラの後継車、後のカペラ～アテンザ）が最初だと思います。
それ以前にディアマンテ等に2.0Lエンジン搭載車が登場してますが、あの辺は2.5L、3.0Lが主力で2.0Lは廉価版的位置付けだったように思います。

Answer 2

こちらが知っている車種では２０００ccだけでは１９９０年８月のカタログに載っているセリカ１８５HのGT-FOUR Aの３ナンバーが２０００ｃｃでの３ナンバー車としては早いと思います。

Answer 3

ロードぺーサーじゃないですか
エンジンは1308ccで全長4850mm×全幅1885mm

Answer 4

三菱のギャラン 7代目（1992年-1996年）が
1.8Lなのに３ナンバーでした。

ギャランが初じゃなくても、90年代の初頭に
出始めたような気がします。

Answer 5

うーん、古くはセドリックやクラウンでバンパーだけ大型にして3ナンバーサイズに……なんてのがありましたね。エンジンは2Lなのに。
起源は何だろう。

横幅が大きくて、という現代型のそういう車は、オーリスとかインプレッサとかアクセラが世に出てきたあたりだったかな、と思いますが。