日本のスポーツカーのマニュアル車で一番加速がいいのはなんですか？

Answer 1

失礼ですが何とも言えません。

加速がいいといってもチューニング次第で変わります。
中古車でチューニングがされ、グロス以上の出力を持っているものもあります。
新車であれば日産・ＧＴ－Ｒがダントツと言えるでしょう。0-100km/h加速は2.8秒というモンスターマシン。
また、ターボ、ＮＡ、スーパーチャージャー等過給機の有無。
ＦＲやＭＲ、４ＷＤなどの駆動形式でも性格は異なります。

自分の知る限りの条件で車を書いてみます。
ＦＲターボ車：ＲＸ－７ ＦＤ３Ｓやスープラ
ＦＲＮＡ車：Ｓ２０００や８６
ＭＲターボ車：ＭＲ－２ ＳＷ２０
ＭＲＮＡ車：ＮＳＸ
４ＷＤ：ランサーエボリューション、ＧＴＯ、ＧＴ－Ｒ、インプレッサ
等です。
参考までに

Answer 2

国産なら、ＧＴＲですね。
次がＬＦＡ、ランエボやＳＴＩが続きます。