インプレッサ WRXsti(gdb)のエンジンej20を下ろす際、冷媒は抜かないといけないのですかね

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EJ20に限った話ではなく、エアコンのコンプレッサがエンジンを取り外さないと脱着出来ない、エアコン配管を切らないとエンジンが脱着出来ない等の設計でもない限り、エアコンの冷媒を抜く必要はありません。

EJ系はコンプレッサはエンジン上ですし、コンプレッサに繋がる配管はホースですからエンジンから切り離して避けておけばエンジン脱着が可能です。