スズキのワゴンRとマツダのフレアは何が違うのでしょうか？メーカーや車種名が違うだけで性能や内装は一緒なんですか？

Answer 1

一緒です。
OEMといって、「相手先ブランド名製造」という構造になっています。

現在、自動車を購入しようと思う人は、価格や維持費などの都合で軽自動車を求めることが多くなっています。また、自分は普通自動車に乗っているけれど、配偶者が買い物用の車を欲しがったり、子供が18歳になって免許を取ったので安い車を買い与えるというパターンもあります。
ですが、マツダの場合は企業規模や採算性などの問題で、新規に軽自動車用の生産ラインを整えるほどの余裕はありません。
そのため、スズキの既存の軽自動車に、自社のエムブレムを付けたり独自の内装を付けてもらったりして回してもらい、マツダブランドの車として販売しています。

また受託しているメーカー側（この場合はスズキ）にとっても、生産数が増えるとコスト面で有利になったりラインの稼働率が向上したりと、色々なメリットがあります。

Answer 2

メーカーエンブレム。
あとはオプションに差が付いている事があります｡