GRB/GRF GVB/GVF型のWRX STIは日本では2.0L.MTのほうが最後がBで、2.5L.ATのほうが最後がFとなっていますが、そのBとFの違いはエンジン排気量の違いか、ミッションの違いかどちらで区別されているのでしょう。

Question

たとえの話しですが、エンジン形式で区別するならノーマルのGVBのエンジンを2.5Lに換装すれば2.5LのMTでもGVBから『GVF』に変わりますし、

ミッションで区別するならエンジンが2.0だろうが2.5だろうがMTであれば『GVB』となります。

Answer 1

エンジンが異なる＝ミッションも異なる

です。
また型式に含まれる末尾｢B｣は搭載されるエンジン型式を表す物で、エンジン型式がEJ207(同じEJ系でも専用ハイパワーユニットとして分類)のみにGD/GG型以降に使用されています。

またエンジンをEJ20からEJ25へ換装しても車両型式は変わりません。
これはメーカーが国土交通省へ車両の型式登録を行っているためでもあり、エンジンが変わろうがミッションが変わろうが改造し構造変更登録を行っても登録された車両型式のままです。

EJ25は元々はNA、そしてGD/GG型より北米等への輸出モデルにEJ25ターボが搭載され、輸出モデルのエンジンを流用させる形でマニュアルまでは求めないユーザー層へATミッションでMTより控えめにしたのがA-lineです。

Answer 2

どちらもです。