日産のGTRと、スカイラインGT-Rは違う車なのですか？

Answer 1

形式的には、同じです
V35スカイラインは実はスカイラインを名乗る予定ではなかった
R35GTRからスカイラインの文字が外れて、シャーシやボディの共通化から離れた

スカイラインGTRは羊の革を被った狼と言われていたけど、GTRになって、 羊の革を脱ぎ捨てた、スポーツカーに成り下がったわけです

Answer 2

元々はスカイラインの最上級グレードがGT-RでしたがR35からはスカイラインとは別の車種となりました。

同じような車両としてはセリカとスープラなんかがそうです。