現行アルトバンに合う社外マフラーは少ないように思います。バンにワークス用の社外マフラーは取付できますか？取付できた場合、車検通らないなどでカー用品店では取付拒否されますか？

Answer 1

NAにターボ用のマフラーを付けると、排気の抜けが良くなり過ぎてトルクが出なくなる。

それ以前に、2010年4月以降製造の車両はマフラー新規制に該当し、適合する年式やグレードが同じ(要は性能が同じ)車でないと車検にパスしない。
メーカーがそのマフラーを付けてデータ取りをして申請するので、取り付けた車と同じ仕様でないとダメだという事。

Answer 2

構造は「アルト」なので、取り付けは可能ですが、エンジンの特性がノンターボ車とターボ車の違いがありますので、マフラー本来の性能は出ないでしょう。
逆にノーマルマフラーより性能を下げてしまう可能性が高いです。
カー用品店よりも、町の工場で持込み取付の方がやってくれるかと思いますが。