スマートキーが発する電波とエンジンスターターが発する電波って別物ですか？今度スマートキーを新しくする予定があって、もしスマートキーを新しくしたらエンジンスターターが使えなくなるのかな？って思いまして。

Answer 1

発信している電波に含まれるID情報(鍵)が正しいかを識別して、正しければ解鍵したりエンジンを起動する仕組みなのでその車固有のIDをスマートキーにも組み込まなければいけません。

そもそもスマートキー単体では売ってないと思いますよ？ディーラーにお願いしてその車に合わせたスマートキーを製作してもらうのが一般的です。