特定小電力トランシーバーは車のスマートキー等の磁気に弱いですか？

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スマートキーは磁気ではありませんよ。
同じ電波を使った物なので近過ぎれば電波干渉する可能性はありますが、干渉しても僅かだったり大した影響が無い可能性の方が高い。
使用している周波数や最大出力の違いもありますが、影響を与えるとしても逓倍率だとか色々ありますから。
異なる周波数でも影響が出やすいのは倍若しくは3倍。
スマートキーの使用周波数は分かりませんが、特定小電力無線に影響を与えるとすれば140.66MHz～となる計算。
3逓倍で特定省電力トランシーバに電波干渉を与える可能性が出ますが、スマートキーの周波数はそこまでの低い周波数帯の利用では無かったと思いますから、影響として出るならトランシーバとスマートキーを一緒にしている等の場合でしょうね。
少し離すだけで影響は受けにくくなる様な出力のはず。