イタリア製の新車でマニュアル車買うとしたらアバルトしかないのでしょうか？さすがにフェラーリランボルギーニは買えません。

Answer 1

3ペダルのMTで、MTベースのセミAT(デュアロジックや往年のセレスピード等)、DCTはダメ、という事であれば、

正規輸入モノなら、先の方も述べてますがフィアットの限定車(本国の500Sには6速もあるのに……)狙い、ですね。

あとは並行輸入で、でしょうか。
最近は右ハンも選べるみたいですが――どうでしょう?
私の住む市内には並行モノも扱う某専門店があり、現行ジュリアの正規輸入リリース前から並行QVが走っていました。
(私の場合は、また別のイタ車専門店で正規・低走行の159を「6MTなら左ハンでも」と購入)

Answer 2

パドルシフトはマニュアルです。

アルファロメオの ４Ｃ は如何ですか？

Answer 3

フィアットが限定車、という形でMT車を発売しています。
今だとパンダ4×4。
フィアット500Sも昨年末発売されました。
台数が100台と少ないですが今まで何度か発売されているので今後も発売される可能性はあると思います。