サブコンとかミニコンをエンジンルームに設置するんですが防水性能が無いので万が一濡れても壊れないようにしたいのですがどのように防水加工すればいいですか？

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防水性能があるものを購入した方が良いです。
耐久性を考慮しているメーカーのものは防水性能も考慮して作られています。この目的は濡れた時の防水性だけではなく基盤を含む電子部品の腐食防止なんですよ。

「防水性が無い」というのは「気密性が無い」のと等しい。気密性が無ければ汚れが内部に入り込みやすくなる。
汚れは水分を含みやすい。エンジンルームは温度変化が大きいため湿度変化も大きい。湿度が高い状態から低い状態になると空気中の水分は液化し、汚れがこの水分を含むことになる。
結果汚れに含まれた水分でサブコン・ミニコン内部の金属が腐食し、電気抵抗が発生してまともに機能しなくなる。

このため耐久性が悪くなる。これを避けるため耐久性を考慮しているメーカーは防水性を重視してサブコン・ミニコンを開発しているんです。

防水性や気密性を上げるだけなら、サブコン・ミニコンをタッパーに入れ、配線が通るところをテープ等で塞げば可能。しかしこの方法だとサブコン・ミニコンの温度が上がった時に冷やすことができないので、今度は熱による故障が発生する可能性が出ます。

シリコンシーラントなどで隙間を塞ぐという方法もありますが、安価なメーカーのものだとこの隙間やスリットなどから空気を取り入れて冷却効果を計っている物もあるので、一概にこの方法が使えるとも言えません。

サブコン・ミニコンはセンサーからの情報をごまかしてECUに送り性能向上をはかる機器です。サブコン・ミニコンが故障し正しいデータをECUに遅れなくなると性能がダウンするばかりか、ECUにダメージを与える可能性もゼロではありませんので、サブコン・ミニコンを買われるときは多少高くても信頼できるメーカーの信頼できる製品を選ばれた方がいですよ。