シビックタイプR、EK9に乗ってるのですがエンジンをB18Cに載せ替えを考えてるのですが足回りや、コンピューター、マフラーなど変更しないといけないですか？車検は面倒になりますか？

Answer 1

面倒になります。
EG6にB18Cを乗せたことがありましたが、車検証を（改）が付くモノにしないといけませんし、CPUもセットで換えないと、そのエンジン特性に合わせたものには当然なりませんよね。
結局、一年ちょっとで手放してしまいました。次にEK9を買いましたが、その経験から、B16Bのままで、9,500回転まで回る仕様にすることにしました。バランス取りとコンピュータ書き換えくらいで済みました。それでも200馬力出ていたので、充分にサーキットで楽しめるレベルでしたよ。

公道も走れて車検証もイジらず、かつ、サーキットでの戦闘力をあげたいなら、B16Bをベースにリビルドエンジンとかフルバランス取りとかでお考えになった方がいいかなと思います。
参考までに。

Answer 2

「B18Cを載せる」がゴールなら、足回りは関係ないです。
コンピューターはB18C用のものが必要ですね。
マフラーはB16Bのものがよっぽど使えますが（少し加工が必要な場合もある）、逆にB18C用ってなるとインテグラ用なので合わないでしょうね。
車検は公認さえ取ってればいいんじゃないですか。それ以外の改造内容次第でしょう。